使用如下命令打patch
$ git apply --reject --whitespace=fix filename.patch
此时git会自动处理好new blank line at EOF的问题，然后重新commit，生成的新的patch就不会有这个问题了。
可以用生成的patch检验一下。
How to fix git: new blank line at EOF
原文：https://www.cnblogs.com/ArsenalfanInECNU/p/14236140.html