题目中涉及到模拟技巧问题，一般模拟的时候，我们都会设置断点的。有的软件自动设置断点，比如GROMACS就有断点设置。而LAMMPS不是自动设置的，需要大家在in文件中写明。下面讲讲如何设置断点：
常用的方法，而且是强烈推荐的方法是用restart命令，放置在run命令的前面。
1. 格式是：restart 1000 restart_file.1 restart_file.2
这样程序run的时候，会轮流写入断点到1,2两个文件中，第一个1000步写入1，那么下个1000步会写入2，然后下个写入1，一次类推。这样即使是断电时正在写其中一个断点，导致其不完整，但另外一个断点可以保证完整的。而且不会大量写restart文件。所以是设置断点的标配方式；除此之外，可以在run后写个write_data文件。保证模拟结束时的接着计算软件。
2. 如果你没有做这个，但轨迹文件里保存了 id type x y z这类的信息，可以提出轨迹文件的最后一个完整帧，用这帧的坐标作为初始结构（就是data文件的坐标用这个替换掉），然后用read_Data 接着算。
所谓接着算，就是用跑了很久的构型继续算。当然如果你体系保持了速度信息，那更好；否则，第二个接着算，肯能要重新分配速度。
原文：https://www.cnblogs.com/zhoulong123/p/14589910.html