用bcftools将多个vcf文件合并成一个vcf文件

1. 软件的安装

a. bcftools 的安装

b. bgzip的安装

2. 合并

第一步： 

用bgzip将所有的vcf文件压缩

bgzip -c -f f_nist_1_2.vcf > f_nist_1_2.vcf.gz

第二步：

用bcftools 对每一个压缩好的vcf文件建立index

bcftools index f_nist_1_2.vcf.gz

第三步：

用bcftools将压缩好的所有vcf文件进行合并

bcftools merge fc_nist_1_1.vcf.gz fc_nist_1_2.vcf.gz fc_nist_1_3.vcf.gz fc_nist_1_4.vcf.gz fc_nist_2_1.vcf.gz fc_nist_2_2.vcf.gz fc_nist_2_3.vcf.gz fc_nist_2_4.vcf.gz -Oz -o merge.vcf.gz

任务完成，得到最后合并好的vcf文件。

bcftools文件的一些使用方法：

http://www.htslib.org/doc/1.0/bcftools.html

用bcftools将多个vcf文件合并成一个vcf文件

原文：https://www.cnblogs.com/rmliu/p/14802255.html