本次演示使用的数据来自2017年发表于Cell的头颈鳞癌单细胞文章：Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer。本次演示提供处理好的测试数据，以及所有代码，一共6个脚本（我目前写得最详细的教程，也是全网少有的）。
数据的预处理就不演示了，预处理的代码存放在0.pre.R文件中。
以下是肿瘤细胞tsne图和原图的对比，和原文一致，说明前面的数据提取及处理是没有问题的。
最终的效果图如下：
在准备好数据之后，就可以开始NMF分析了。
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因水平有限，有错误的地方，欢迎批评指正！
原文：https://www.cnblogs.com/TOP-Bio/p/15049837.html