跑以下命令时报错：
QTLtools cis --vcf file.vcf.gz --bed file.bed.gz --cov covariate.txt --permute 10000 --grp-best --window 100000 --out permutations.txt
其中，纳入的协变量有5个表型PC,5个基因型PC，性别，年龄，群体；
经测试，去掉群体的协变量以后，就可以正常工作了。
加上--exclude-covariates file.exc参数即可去掉协变量：
QTLtools cis --vcf file.vcf.gz --bed file.bed.gz --cov covariate.txt --permute 10000 --grp-best --window 100000 --out permutations.txt --exclude-covariates file.exc
file.exc文件如下所示（RACE 表示群体）：
如果是去掉SEX,AGE,RACE协变量，则file.exc文件改为如下所示：
使用QTLtools计算QTL时报错：gsl: simplex2.c:372: ERROR: non-finite function value encountered
原文：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/15137937.html