方法1：
1.关闭updating index
Window => Preferences => Myeclipse Enterprise Workbench => Maven4Myeclipse => Maven=>禁用Download repository index updates on startup
2.解决‘update progress‘
‘update progress‘ has encountered aproblem.An tinernal error has occurred
去到Myeclipse根目录下找到eclipse\configuration\org.eclipse.update下面把last.config.stamp删除掉,重启myeclipse
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方法2：
我的MyEclipse安装在C:\Program Files\MyEclipse 6.5
关闭MyEclipse,找到文件夹C:\Program Files\MyEclipse 6.5\eclipse\configuration\org.eclipse.update\
把last.config.stamp文件删掉，启动MyEclipse，Update Progress的警告对话框应该就不会出现了。
如果还不行的话，找到.metadata文件夹（这个文件夹位于MyEclipse的工作路径，不是安装路径），按照"org.eclipse.update*"搜索文件名，把找到的结果全都删除掉，再重新启动MyEclipse。
同时可以把自动更新的选项去掉：Window->Preferences->Install/Update->Automatic Updates，把Automatically find new updates and notify me的勾去掉
去除MyEclipse频繁弹出的Update Progress窗口
原文：http://www.cnblogs.com/fan-yuan/p/4016042.html