尝试搜索了网上的解决方案，均没有结果，于是自己想出了一种方案，试了试居然搞定了。
方法为：通过普通的archieve方式export出ipa包，然后将此包解压缩，把其中的Applications文件夹中的应用程序复制出来，然后新建一个文件夹叫Payload，然后将刚才的应用程序复制到该文件夹中，然后打包该文件成.zip文件，并修改后缀名成ipa，然后将此包通过Application Loader上传即可。
猜测可能是xcode6的bug，可能是自己生产ipa包的时候没有使用Payload文件夹。
转载自：http://www.douapp.com/post/2785
Xcode6.1 发布 出现 The ipa is invalid. It does not include a Payload Directory 错误
原文：http://blog.csdn.net/qinning199/article/details/40412773