利用USearch去除嵌合体(chimeras)

嵌合体序列指在pcr过程中，两条不同的序列产生杂交扩增的序列，属于人工污染，在ITS和16S分析中，应该首先去除，USearch提供去除嵌合体的功能

usearch -uchime_ref reads.fna -db reference.fna -strand plus -nonchimeras nonchimeras.fna

usearch 链接:http://drive5.com/usearch/manual/uparse_cmds.html

同时usearch提供更加可靠的聚类方案（未详考），聚类流程：

1　　usearch -derep_fulllength nonchimeras.fna -output derep.fa -sizeout

计算reads丰度(完全一样的reads数量)

2　　usearch -sortbysize derep.fa -output sorted.fa -minsize 2

按照reads丰度排序，并且去除丰度为1的reads

3　　usearch -cluster_otus sorted.fa -otus otus1.fa

聚类

4　　python　　fasta_number.py otus1.fa OTU_ > otus.fa

OTU命名

5　　usearch -usearch_global nochimeras.fa  -db otus.fa  -strand plus -id 0.97 -uc map.uc

制作uc文件

6　　根据uc文件制作 otu.table

利用USearch去除嵌合体(chimeras)

原文：http://www.cnblogs.com/lyon2014/p/4048353.html