现在简单介绍一下amber12中安装openmpi并行的过程。
1. 下载openmpi版本在1.5-1.9之间的（openmpi-1.6.5.tar.bz2）
这是因为$AMBERHOME/AmberTools/src/configure_openmpi 文件中的下面这句话：
mpidirs=`/bin/ls -d openmpi-1.[5-9]*/ 2>/dev/null | tail -n 1`
2. 下载完成之后进行解压
一定要解压到 $AMBERHOME/AmberTools/src 这个目录
3. 运行./configure_openmpi gnu （intel）
安装完成之后一定要设置环境变量
export
MPI_HOME=/home/yzh/Amber/amber12/AmberTools
export
PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin
export
LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export DO_PARALLEL="mpirun -np
8"
这里还有一 个小小的问题，如果不注意又要耽误很长的时间去调bug，真是烦人。
Intel和openmpi中都有mpirun这个脚本，你可以用 which mpirun测试一下就会发现出现的是intel中的mpirun
为了能让程序自动识别opemmpi中的mpirun,所以就稍微做一下改动，将intel中的那个mpirun随便换一个名字就
哦了。
4.回到$AMBERHOME家目录：
./configure -mpi gnu （intel）
5. 运行命令
make install
6. 如果编译过程中出现
Fatal Error: File ‘netcdf.mod‘ opened at (1) is not a GFORTRAN module file
这个错误需要回到$AMBERHOME/include文件夹内，把所有的netcdf.*文件全部删除，然后再重复上面的步骤
4和步骤5
原文：http://www.cnblogs.com/yanzhi123/p/3567458.html