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centos7 下安装生物信息软件的问题小总结

时间:2014-11-20 13:32:25      阅读:244      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

1、安装samtools与bwa时:

  缺少zlib库

  下载zlib库

cd zlib/
CFLAGS="-O3 -fPIC" ./configure
make
make install

 然后在进入samtools 进行make

2、安装rpm包是 依赖而不能安装!

  rpm -ivh xxx.rpm --nodeps --force

  先强制安装!

  再用rpm -qa |grep xx 查找已经安装

  ldd查找需要的

  注:1.加上 --nodeps,意思不考虑依赖
    2.更狠的--force,强制安装
    可以在这两个之前试试--aid自己解决依赖

3、安装soapsnp是遇到缺少boost

  先配置boost

  下载boost 解压

  

1 ./booststria.sh
2 ./bjam -s HAVE_ICU=1
3 ./bjam install --prefix=/usr

  第一步完后生成bjam脚本

  其中第二步大约需要半个小时!

  将当前目录下编译好的头文件安装到相应位置:在/usr/include下有头文件夹boost,在/usr/lib下有boost的库

 未完待续。。。

centos7 下安装生物信息软件的问题小总结

原文:http://www.cnblogs.com/wipy/p/4110207.html

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