1939年秋，圆瑛在上海圆明讲堂成立莲池念佛会，正在这时，忽然外面闯进几十个日本宪兵，把圆瑛抓进日本宪兵司令部。面对如虎如狼的宪兵，圆瑛临危不惧，借三昧定力之功，摄心入静，一心念佛。并且进行绝食抗议。结果宪兵无奈，又碍于佛教人士，只得释放了他。释放以后忽有日僧来访，请他出任“中日佛教会长”，圆瑛借口老病，婉言推辞，从此闭门敛心，开始了《楞严经讲义》的撰著。
解放前夕，大师在香港、新加坡等地的弟子，都纷纷函电催他速离上海，飞往西洋。有的还专程来劝驾，对他说：“不要舍不得圆明讲堂，到了南洋，我们给你造两三个比这还大的圆明讲堂。”可是，大师明确表示：“我是中国人，生在中国，死在中国，决不他往。”
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