下面是总结的：
需要实现在linux系统开机的时候启动java应用程序和java web程序，
从网上找的资料说在/etc/rc.local的末尾加上执行脚本的命令即可
可以使可以但是只能开机启动java web程序，对java应用程序不起作用，
后来又找了些资料发现在/etc/profile的末尾加上就可以，于是以后有用到的博友就用这个吧，
也不枉一天的辛苦！哈哈！
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每次系统开机的时候，都会根据不同的runlevel级别启动不同的服务。
开机按[CTRL]+[ALT]+[F7]/[F8]可查看系统启动时正在启动的服务！！！！
众所周知Linux给我们提供了7中不同的启动级别0～6，那么不同的启动级别都会启动那些服务哪。可以使用chkconfig ——list 查看，可以使用chkconfig 服务名 ——level 3 ｛on|of｝修改是否要再某个级别启动或停止。
1. 例如：要把sshd服务在第3种启动级别中停止。
[root@team4 rc3.d]# chkconfig sshd --level 3 off 中国网管联盟www.bitscn.com
2. 还可以手工修改，在/etc/rc.d/这个目录里有很多不同runlevel对应的目录，里面表明进入某个启动级别时要启动和停止那些服务。
例如：?
[root@team4 etc]# ls /etc/rc.d
init.d??rc0.d??rc2.d??rc4.d??rc6.d? ???rc.sysinit
rc? ?? ?rc1.d??rc3.d??rc5.d??rc.local
我们用rc3.d这个目录为例，这个目录里面记录的是进入init 3时需要停止和启动那些服务。
下面为rc3.d目录的内容：
[root@team4 etc]# ls /etc/rc.d/rc3.d/
K02avahi-dnsconfd? ?? ?? ?? ?K89pand? ?? ?? ?? ? S25bluetooth
K02dhcdbd? ?? ?? ?? ?? ?? ???K89rdisc? ?? ?? ?? ?S25netfs
K02NetworkManager? ?? ?? ?? ?K91capi? ?? ?? ?? ? S25pcscd
K02NetworkManagerDispatcher??K99readahead_later??S26apmd
K05conman? ?? ?? ?? ?? ?? ???S04readahead_early??S26hidd
K开头代表这个启动级别需要停止的服务，编号是停止的时候执行的顺序，再后面就是服务明了。
S开头则是要启动那些服务。?网管网bitsCN_com
注意：先执行K开头的，后执行S开头的。所以S开头的服务会覆盖K开头的服务。
Linux设置程序的开机自启动与Linux服务
这里只说我所知道的，举例如下
需求是我要用Windows下的VNC Viewer连接到Linux Server. 我在Linux下面输入
#vncserver
设置好密码，好现在我就可以在Windows下面使用VNC连接到Linux桌面了，这个时候如果我的Linux Server系统重启了，那么我还得再敲一次vncserver这个命令，所以我现在要让Linux Server在开机时自动启动vncserver
有哪些方法呢？
1. 我可以把vncserver设置成系统的服务，并启动起来，使用如下命令查看vncserver是否已经是系统的服务
#chkconfig --list|grep vnc
vncserver? ? 0:off 1:off 2:off 3:off 4:off 5:off 6:off
现在我们要设置vncserver开机自启动，使用如下命令
#chkconfig --level 5 vncserver on#chkconfig --list|grep vnc
vncserver? ? 0:off 1:off 2:off 3:off 4:off 5:on 6:off
这个时候重启系统，那么vncserver就会以服务的方式自动起来，但是现在如果想立即使用vnc则直接敲命令 vncserver即可
2. 我们可以把vncserver这条命令写在Linux开机要运行的脚本里面，那些脚本是Linux开机时要执行的呢？
我知道的有以下这些:
/etc/rc.local
/etc/rc.sysinit
/etc/inittab
/etc/profile
这里记住Linux服务于Linux开机自启动之间的区别和联系
原文：http://kevinflynn.iteye.com/blog/2185453