这个问题也困扰我好长一段时间，最后经过自己摸索终于找到解决办法了。
1. 找到SecureFX配置文件夹（选项--全局选项，常规下的配置文件夹），比如：D:\Program files\SecureCRT\DATA；
2. 在配置文件夹下的Sessions子目录中，找到FTP站点对应的Session文件（.ini扩展名），双击打开；
3. 查找Filenames Always Use UTF8，将=号后面的参数改成00000001，保存退出即可。
感觉SecureFX对FTP服务器的字符编码检测不是很好，需要在Session配置文件中强制指定UTF8编码格式，而且这个设置在GUI界面上找不到配置的地方，所以只能手工修改Session文件中的配置。
SecureFX中出现中文乱码解决方案
原文：http://my.oschina.net/topeagle/blog/401726
