prototype:
Function有内置的prototype属性，而Object没有。其实这一点与上一点有着很大的关系，正是因为有了把Function当做构造函数的功能，我们才需要prototype属性。只要记住一点，prototype只有Function才有。
_Proto_:
一个与 prototype 遥相呼应的属性是 __proto__（请注意有 proto 两边各有两个下划线），一个实例的 __proto__ 属性指向创建该实例的类的 prototype 对象。
区别:
__proto__是真正用来查找原型链去获取方法的对象。
prototype是在用new创建对象时用来构建__proto__的对象。
总结:
其实prototype只是一个假象，他在实现原型链中只是起到了一个辅助作用，换句话说，他只是在new的时候有着一定的价值，而原型链的本质，其实在于__proto__
【JavaScript】__proto__和prototype的区别和联系【整理】
原文：http://www.cnblogs.com/bloghxr/p/4533988.html