Win7 64位企业版亲测。
假设Cygwin安装在F:\Cygwin64 目录下。
步骤：
1. 以管理员身份运行cmd
2. 输入命令： takeown /f F:\Cygwin64\* /r
等待完成即可。完成后，当前Windows用登陆户就获得了对F:\Cygwin64目录下所有文件的完全权限。
用途：重装系统后卸载Cygwin，在Cygwin使用过程中出现权限问题
补充：
如果仍然出现权限问题：
1. 右击Cygwin64文件夹 -> “安全”选项卡 -> “高级”按钮 -> “所有者”选项卡
2. 点击列表中的用户，确定
补补充：
如果仍然出现权限问题：
右击F:\Cygwin64\Cygwin.bat，以管理员身份运行。
原文：http://www.cnblogs.com/georgethrax/p/4663531.html