JRE System Library主要存放J2SE的标准jar，一般不需要调整。
Referenced Libraries是存放第三方的jar包，也就是自己导入的jar包。在项目属性的Java Build Path中的Libraries中配置。本人理解，
这里导入和配置jar包，都是为了让web工程能够在eclipse开发环境可以正常编译，不报错而已。。如果该web工程利用eclipse生成war包，
是不会导出其jar包到WEB-INF/lib文件夹下的。
Web App Libraries的主要作用是让eclipse导出war包的时候，会把其目录下的所有jar或者项目中的工程引用都导出到WEB-INF/lib文件
夹下。Web App Libraries中的jar包在eclipse中项目属性的Java EE Module Dependencies配置的。如果你勾上了，或者添加了外部jar
包，都会在WEB-INF/lib文件夹下生成。当然，如果你直接在WEB-INF/lib文件夹下，copy一个jar进入，刷新一下，Web App Libraries
也会自动增加一个jar的引用。简单说，Java EE Module Dependencies的配置只针对Web App Libraries的。
开发EJB工程，JAVA中的商业应用组件技术（Enterprise Java Bean）所需的库包,像我们常用zip或者rar一样，也是可以解压出来的。顺便说下：
war包:是做好一个web应用后，通常是网站，打成包部署到容器中。
jar包：通常是开发时要引用通用类，打成包便于存放管理。
ear包：企业级应用，通常是EJB打成ear包。
所有的包都是用jar打的，只不过目标文件的扩展名不一样。
原文：http://www.cnblogs.com/perfy/p/3593362.html